Phần mềm HyperChem là phần mềm chuyên dụng trong bộ môn Hóa Tính Toán (Ứng dụng tin học trong Hóa học) hiện nay. Mô phỏng cấu trúc 3D của hợp chất, tối ưu hóa cấu trúc, tính toán mọi thông số liên quan đến hợp chất như: năng lượng bề mặt, phổ IR, UV,…, các dao động nhiệt, độ dài và năng lượng liên kết…
Những tính năng cơ bản:
– HyperChem có thể biểu diễn các phân tử khác nhau trong hệ, bạn có thể thay đổi hình thức biễu diễn kiểu que, kiểu hình cầu, kiểu hình cầu chồng lên nhau, kiểu chấm, kiểu chấm-gạch.
– Bạn có thể đặt màu nền cho trang làm việc, đặt các màu khác nhau cho các liên kết trong phân tử, màu sắc nguyên tố (ví dụ ngầm định màu của Cacbon là màu lục, Oxy là đỏ, Flo là vàng, Fe là đỏ, Cu là xanh lá…)
– Bạn cũng có thể lấy hình ảnh của HyperChem chuyển qua các ứng dụng khác như Word, PhotoShop… bằng cách đặt chế độ copy hình ảnh.
– HyperChem giúp bạn vẽ và hiệu chỉnh những phân tử trong không gian 2 chiều(2D) và 3 chiều(3D).
– Trong HyperChem có hệ tọa độ của người quan sát và tọa độ của phân tử, cho nên bạn có thể dịch chuyển, quay và biểu diễn hệ phân tử theo tỷ lệ màn hình làm việc.
– Xem được thuộc tính cấu trúc phân tử, đo độ dài liên kết, góc liên kết, biểu diễn momen lưỡng cực…
– Cơ sở dữ liệu rộng lớn, bạn có thể tạo và biểu diễn chuỗi polypeptide, hay lựa chọn các amino acid, các acid nucleic, polyme.
– Tính toán obital phân tử, cực tiểu hóa năng lượng của hệ, tối ưu hóa cấu trúc…
– Còn rất rất nhiều ưu điểm nữa đang chờ bạn khám phá. Hy vọng bạn sẽ bắt đầu tìm hiểu, tham gia các câu lạc bộ để thảo luận và thích thú cùng với HyperChem. Một số từ ngữ thông dụng để tham khảo:
Ab Inito: phương pháp tính toán cơ học lượng tử cho kết quả chính xác.
AM1: là phương pháp bán kinh nghiệm chính xác.
ALL atom: phương pháp tính toán cơ học phân tử.
AMBER: phương pháp trường lực (force field).
Atom type: kiểu biểu diễn nguyên tử.
Backbone: liên kết khung.
Bio+: bổ sung cho trường lực CHARMM.
Brookhaven Protein Data Bank(PDB): dữ liệu về cấu trúc Protein.
Charge density: mật độ điện tích.
CNDO: dùng tính toán thuộc tính điện tử bỏ qua xen phủ vi phân.
Connectivity: kết nối liên kết cộng hóa trị.
Constraint: sự ràng buộc giá trị của lý thuyết với thực tế gần đúng.
Convergence: tiêu chuẩn kết thúc tính toán hóa học.
Coordinate system: hệ tọa độ.
Correlation Energy: năng lượng tương quan được tính theo vị trí cụ thể của các electron.
Chirality: R hoặc S.
RMS Gadient: vectơ mô tả trường lực trên một nguyên tử.
Sequence: thứ tự hợp phần từ hợp phần đuôi N.
Bond Length: độ dài liên kết giữa các nguyên tử.
Bond Order: thứ tự liên kết tính toán theo cơ học lượng tử
Chi tiết bài viết xem tại: http://www.hoahoc.org/forum/threads/phan-mem-hyperchem.4445/
Một bài viết khác:
http://www.hoahoc.org/nhung-ki-thuat-va-ung-dung-cua-phan-mem-hyperchem.html
Leave a Reply